ד״ר יונתן בצלאל התחיל את דרכו כסטודנט בבנק ישראל ומשם עבר לשוק הפרטי כאנליסט כלכלה ורכש בחברת אינטל. משנת 2008 בשירות הציבורי.
תחילה ככלכלן בכיר באגף התקציבים של משרד הבריאות ומשנת 2010 במספר תפקידים בכירים במשרד האוצר – אגף החשב הכללי. בשנים 2020-2021 כיהן כסמנכ״ל כספים בחברה הממשלתית לתיירות (החמ״ת).
כיום סגן חשב בכיר במשרד ראש הממשלה ומנהל הכספים של מספר משרדים ויחידות סמך לרבות המטה לביטחון לאומי (המל״ל), המועצה לכלכלה, משרד המודיעין, משרד ירושלים ומורשת, משרד התפוצות, משרד ההתיישבות ורשות השירות הלאומי-אזרחי.