הקריה האקדמית אונו מציעה מגוון מסלולים לתואר שני בחינוך, ומאפשרת לכל אחד ואחת לבחור בהתמחות המתאימה לו. כל אחת מההתמחויות פותחת בפני הסטודנטים והסטודנטיות דלת לאופק תעסוקתי וניהולי. בוגרי ובוגרות תואר שני בחינוך בהתמחויות השונות משתלבים במגוון תפקידים בעולם החינוך, במערכת החינוך הפורמלית והבלתי פורמלית, במגזר הציבורי, בקהילה ובעמותות.

• .M.A בחינוך התמחות בחינוך מיוחד
  תכנית לימודים ייחודית בה נפגשים המרצים הטובים ביותר בעלי ניסיון עשיר ומגוון בתחומי החינוך המיוחד ודרכי ההוראה שלהם.
  תכנית זו מיועדת לאנשי חינוך ונושאי תפקידים אשר רוצים להעשיר ולהעמיק את הידע בתחומי החינוך המיוחד על כל טווח אוכלוסיות התלמידים בעלי הצרכים המיוחדים ורמות התפקוד המגוונות. מטרת ההתמחות בחינוך מיוחד היא להביא את הסטודנטים לגיבוש תפיסה חינוכית – ערכית, תוך העמקה ופיתוח חשיבה יצירתית בתחומי הדעת של החינוך המיוחד.
• .M.A בחינוך התמחות בניהול וארגון מערכות חינוך
  מטרת התכנית היא להצמיח מנהיגות פדגוגית חדשה במערכת החינוך בהתאם לרפורמות והתמורות שחלו בשנים האחרונות במערכת החינוך.
  תכנית הלימודים מתרכזת בפיתוח והכשרה של כוח אדם מקצועי ומיומן בשלושה אספקטים: אישי, מקצועי וארגוני.